Příčin, z nichž vzešla Janova smrt, bylo několik. Tou hlavní však byl mocenský spor, který postavil krále a arcibiskupa do otevřeného nepřátelství. Král Václav velmi usiloval o oslabení arcibiskupovy moci. K tomu mu mělo dopomoci vytvoření nového biskupství, které by bylo zcela podřízené jeho vlivu. Základem pro něj se měly stát statky bohatého kladrubského kláštera, král čekal jen na smrt starého opata Racka. Racek zemřel na počátku roku 1393. Arcibiskup Jenštejn si však uvědomil, jakou hrozbu to pro něho může znamenat, a přiměl generálního vikáře, aby rychle potvrdil volbu Rackova následníka. Jan Nepomucký tedy stvrdil mnicha Olena novým opatem kladrubským dřív, než proti tomu mohl král zasáhnout. Toto Jenštejnovo jednání krále velice rozlítilo. Přikázal zatknout Jenštejnovy úředníky, mezi nimi i generálního vikáře Jana. Zajatce nejprve čekal výslech v kapitulní síni na Pražském Hradě. Poté byli převezeni na Staroměstskou radnici a podrobeni výslechu útrpnému, včetně krutého mučení, na jehož následky nakonec Jan zemřel.
Pozdější prameny uvádí jako možnou příčinu královy nenávisti vůči Janovi i skutečnost, že Jan byl zpovědníkem královy manželky Žofie a odmítl vyjevit její zpovědní tajemství. Tuto teorii dnes nelze ani prokázat, ani jednoznačně vyvrátit. O její pravdivosti by snad mohla svědčit králova nebývalá aktivita v mučírně, kde sám pálil Jana na bocích pochodní, i fakt, že vyslýchat arcibiskupovy úředníky kvůli volbě kladrubského opata bylo zbytečné, neboť král už všechny podrobnosti jistě znal.
Jan Nepomucký byl umučen 20. března 1393 na staroměstské rychtě (dnes dům č. 12 na rohu ulic Rytířské a Na Můstku). Jeho tělo bylo svrženo z Karlova mostu a o necelý měsíc později nalezeno na pravém břehu Vltavy.
Autor článku: Muzeum Nepomuk
